Facebook Messenger შეგიძლიათ დესკტოპ აპლიკაციის სახით გამოიყენოთ. მისი გადმოწერა როგოც App Store-იდან, ასევე Microsoft Store-დან შეგიძლიათ. Messenger-ის დესკტოპ ვერსიაში ინტეგრირებულია მობილური ვერსიის ფუნქციების დიდი ნაწილი. ხაზგასასმელია ის, რომ აქ ჯგუფური ვიდეოზარების ფუნქციის გამოყენებას შეძლებთ, რაც შეიძლება თანამედროვე, იზოლაციისა და დისტანციური მუშაობის საჭიროებებს დავუკავშიროთ. ასევე, აპლიკაციას აქვს ღამის რეჟიმიც (Dark Mode).